Bahwa reformasi nasional telah melahirkan beberapa perubahan mendasar hingga ke Tanah Papua. Dimulai dengan pergeseran kewanangan dari Jakarta ke daerah-daerah dalam konteks desentralisasi pemerintahan melalui undang-undang Nomor 22 tahun 1999 dan undang-undang Nomor 25 tahun 1999. Implikasi lebih jauh dari undang-undang tersebut adalah bahwa Pemerintah Kabupaten/kota di Tanah Papua mulai memiliki kewenangannya sendiri untuk membangun daerahnya masing-masing, kecuali dalam 6 hal yaitu: luar negeri, pertahanan, moneter, kehakiman, agama, dan lain-lain.Era ini ditandai dengan semakin menumpuknya masalah- masalah pemba-ngunan yang ditimbulkan oleh kondisi masa lalu. Satu-persatu masalah mencuat. Di lain pihak, pemerintah tidak cukup stabil dalam menjalankan roda peme-rintahan dan mendesain rencana pembangunannya. Krisis di Tanah Papua yang sudah terjadi sejak lama kemudian berlanjut. Sejumlah peristiwa politik yang tidak menguntungkan telah turut mempengaruhi kinerja pembangunan yang memang sudah terseok-seok itu. Praktis, laju pembangunan di era ini berjalan perlahan tanpa tenaga. Para pihak lebih banyak disibukkan dalam pembenahan masalah politik dan penyesuaian kebijakan baru serta penataan kembali organisasi pemerintahan dan rencana pembangunan daerah.
Munculnya kesadaran baru bagi masyarakat di Tanah Papua,seolah meng-giring pemerintahan dan pembangunan ke arah perubahan yang sangat drastis. Dalam usianya yang hanya kurang dari 4 tahun, era otonomi daerah hanya melahirkan sejumlah icon baru pembangunan, seperti : kian menebalnya sikap emosional yang melahirkan istilah “putra daerah”, “menjadi tuan di negeri sendiri”, yang bersamaan dengan meningkatnya tekanan sebagian kelompok masyarakat yang ingin merdeka. Kebijakan pemerintah daerah untuk menjustifikasi hal tersebut bersifat protektif. Artinya, bahwa pembangunan di Tanah Papua harus memberikan prioritas pada Orang Papua. Hal ini disadari benar bahwa selama Pemerintahan Orde Baru pada era pembangunan sentralistis, Orang Papua kurang dihiraukan sebagai obyek utama pembangunan Sejumlah kemajuan yang diperoleh pada era ini adalah mengurangi jumlah pengangguran dengan melakukan rek-ruitmen Pegawai Negeri Sipil baru lebih dari 3.000 orang dalam 3 tahapan yang di-dominasi oleh orang-orang Papua. Selain itu, dilakukan pula penyesuaian struktur organisasi dan promosi jabatan bagi Orang Papua di semua eselon penting. Juga, diperoleh kemajuan dari aspek pemberdayaan institusi kemasyarakatan. Seiring dengan era reformasi institusi kemasyarakatan menjadi tumbuh dan berkembang kuat untuk menjadi mitra kerja pemerintah dalam pembangunan Sangat disayangkan, karena dalam kurun waktu itu belum dapat dilakukan perluasan lapangan kerja di luar sektor pemerintahan. Hal ini lebih disebabkan oleh 2 faktor utama, yaitu : minimnya kualitas sumberdaya manusia, dan faktor permodalan usaha lokal yang masih terbatas. Kebijakan rekruitmen dan promosi di dalam birokrasi pemerintahan kurang memperhatikan aapek kualitasnya. Hubungan-hubungan kerja ke-dinas-an berkembang menjadi negatif ke arah primordialisme sempit. Munculnya fenomena baru yang cenderung tidak efisien dalam pembangunan, serta pertumbuhan institusi sosial kemasyarakatan menjadi tidak terkendalikan dengan baik.
Sisi positif dari kelahiran kesadaran baru itu adalah semakin menguatnya visi bersama menuju ke kemandirian lokal dalam konteks NKRI. Maksudnya adalah bahwa mulai disadari kelemahan sumberdaya manusia ditengah-tengah kekuatan sumberdaya alam yang berlimpah. pembangunan di semua bidang dan sektor tidak optimal dan hanya melahirkan ketidak percayaan rakyat pada pemerintah. Tingkat pendidikan rendah, derajat kesehatan masyarakat rendah, tingkat kemiskinan rakyat amat parah, infrastuktur serba tak berkecukupan. Apa yang salah ? Demikian pertanyaan yang seringkali timbul dalam berbagai wacana pembangunan di daerah ini. Gagasan kemudian bergulir untuk memotong ketergantungan dari Pemerintah Pusat dan mulai pro-aktif melakukan pemberdayaan masyarakat di semua aspek kehidupan.Paradigma pembangunan yang berorientasi pada pertumbuhan tidak lagi menjadi primadona. Tetapi yang dikedepankan adalah paradigma pemerataan pembangunan yang manusiawi dan berwawasan lingkungan. Periodisasi era yang singkat ini hanya dapat menghasilkan suatu kerangka pembangunan berbasis “kemandirian” yang meletakkan dasar-dasar pokok bagi kelanjutannya di era berikutnya. Paradigma yang dikembangkan masih berkutat pada teori modernisasi, tetapi lebih mengedepankan teori weber tentang etika protestan, teori McLelland tentang N-Ach, dan teori Inkeles tentang pembangunan berwajah manusiawi. Mulailah dikedepankan ekonomi kerakyatan, dimana seluruh aspek perekonomian daerah mulai dirancang dari masyarakat hingga ke tingkat makro. Penerapan strategi ekonomi kerakyatan di masa lalu hanyalah bersifat semu dan setengah hati saja, karena sama sekali tidak membantu rakyat miskin. Peningkatan kualitas sumberdaya manusia dimulai dari jenjang pendidikan dasar dengan pola asrama dan melakukan mengkaderan melalui pengembangan kerjasama pendidikan dengan institusi pendidikan yang sudah maju di dalam dan di luar negeri. Selain itu institusi birokrasi mulai memperjelas visi dan misi pembangunan yang diembannya masing-masing, serta membangun jaringan kemitraan dengan berbagai stakeholders.
Oleh karena sebagian besar penduduk Papua bermukim di kawasan perdesan itu, relatif masih membutuhkan bimbingan, maka pola pendampingan dijadikan pola pemberdayaan sangat relevan, dengan melibatkan peran para tokoh pem-baharu di Kampung, seperti tokoh masyarakat, tokoh adat, tokoh agama, dan LSM. Dalam penerapannya, pola pemberdayaan masyarakat di kawasan perdesaan dan masyarakat di kawasan perkotaan tidak dipersamakan, karena selain karak-teristik sosial-ekonominya berbeda, kehadiran varian-varian kekuatan institusi masyarakat di kedua kawasan itu menunjukkan identitasnya masing-masing. Pola pembangunan masyarakat di kawasan perdesaan dan pedalaman memerlukan pendekatan situasional yang sesuai dengan tatanan budaya dan adat istiadat masyarakat lokal. Konsep trickle down effect, spread effect, serta security approach tidak digunakan lagi secara efektif, melainkan mengedepankan konsep ekonomi kerakyatan yang sungguh-sungguh memihak kepada masyarakat melalui pemberian akses yang tinggi bagi masyarakat untuk terlibat secara aktif dalam seluruh rangkaian proses pembangunan .Titik tolaknya pada prinsip pembangunan dari dan oleh masyarakat. Oleh karena itu, mekanisme bottom-up terus didorong dengan prasyarat adanya upaya peningkatan kemampuan masyarakat dan perangkat pemerintahan Kampung/kota dan Distrik secara bertahap dan berkesinambungan serta realokasi anggaran pembangunan kawasan perdesaan dan perkotaan yang memadai sesuai dengan tingkat kebutuhannya.
